들어가며이전 글에 이어서 2025년에 경험했던 학회들에 대해 회고 해보겠습니다. 사실 학회가 아니라 행사로 정정해야 맞을 것 같긴한데.. 나름 대학원생으로서 겪은 다양한 경험이라고 봐주셔도 괜찮을 것 같습니다. SCSOK Hackathon 2025SCSOK Hackathon은 말 그대로 SCSOK에서 주최하는 헤커톤이었습니다. 생물정보학 연구자들이 모여서 5일 동안 헤커톤을 하는거였는데요. 저는 참여한 건 아니고 운영을 맡았었습니다.운영을 맡게된 이유는 저희 학교에서 진행하는 행사였기 때문이었는데요, 저도 몰랐어요 운영이 이렇게 힘들줄은...SCSOK에 소속된 교수님들이 한 번씩 돌아가면서 운영을 맡았는데 이번이 저희 차례였던 것이죠 사실 저보단 저희 연구실 동료들이 더 고생했지만 나름 고생한만큼 보람 ..
들어가며최근 취업 준비를 하며 제가 했던 경험들을 다시 돌아보며 정리할 일이 많아서 하나씩 회고를 작성해보고 있는 중입니다... 사실 연구실에 있었을 때 학회를 활발하게 다니지는 않았어서 기억에 남고 자료가 남아있는 경험들만 시간 순서대로 정리해보려고 합니다. 개인적으로 학회는 관심 있다면 누구나 신청해서 갈 수 있지만 연구자로서 할 수 있는 특별한 경험 중 하나라고 생각합니다. 발표를 하면 더더욱 특별하겠지만 제 경우에는 주로 발표를 보는 입장이거나 포스터 발표 정도 했던 경험 밖에 없었어서 그동안 참여했었던 학회들에 대한 제 개인적인 감상을 남겨보고자 합니다. Platcon 2024 Platcon은 제가 석사 과정 입학한 이후 처음 경험한 학회입니다. 제주도에서 진행했었고 자대 교수님들이 주도하시고 ..
들어가며CellCraft는 유전자 조절 네트워크 추론 작업을 수행할 수 있는 웹 플랫폼으로, 현재 7개의 GRN 추론 알고리즘(TENET, FastTENET, FastSCODE, GENIE3, GRNBoost2, LEAP, Scribe)을 통합 제공하고 있습니다. 본 글에서는 각 추론 알고리즘의 패키지 의존성 충돌 문제를 해결하기 위해 Docker 기반 플러그인 아키텍처를 설계한 과정을 정리하고자 합니다. 추론 알고리즘을 웹에서 관리하고 실행할 수 있게 개발하는 과정에서 겪은 시행착오와 Docker를 도입한 배경, 플러그인 아키텍처를 어떻게 설계했는지에 대한 과정을 공유해보겠습니다.패키지 의존성 충돌 문제알고리즘별 런타임 다양성CellCraft가 통합 제공하는 알고리즘들은 각각 다른 런타임 환경을 요구합..
들어가며이전에 Celery 비동기 시스템 관련해서 다룬 블로그 글인 Celery를 활용한 비동기 작업 처리에서 정의했던 시스템 리소스 관리 최적화 부족 문제와, 후속 글인 Celery 비동기 시스템 개선기: Timeout 오류 해결에 이어서 CellCraft의 비동기 시스템에서 리소스 기반 동시성 제어를 도입한 과정을 정리하고자 합니다. CellCraft는 리소스를 많이 사용하는 추론 작업을 수행할 수 있는 웹 플랫폼으로 분석 작업은 독립된 Docker 컨테이너에서 실행됩니다. 각 작업은 CPU 또는 GPU 리소스를 점유하며, 가용 리소스를 초과하여 동시에 실행되면 서버가 장애가 발생할 수 있는 리스크가 존재합니다. 해당 글에서는 이전에 임시로 적용했던 리소스 관리 방식의 한계와 Redis Lua 세마포..
들어가며CellCraft는 유전자 조절 네트워크 추론을 수행할 수 있는 웹 플랫폼으로서, 분석 작업이 알고리즘 종류, 그리고 데이터셋 규모에 따라 수분에서 최대 수주까지 소요됩니다. 이러한 장기 실행 작업을 비동기로 처리하기 위해 Celery + RabbitMQ 기반의 비동기 시스템을 구현했습니다. 해당 글에서는 개발 과정 중 발생한 RabbitMQ Timeout 오류의 원인을 추적하고 해결한 과정을 정리하고자 합니다. 약 1년 전에 작성했었던 Celery를 활용한 비동기 작업 처리 에서도 언급하고 있었던 RabbitMQ Timeout 오류 방지 설정 부족 문제와 이어지는 내용으로 현재 시점에서의 결과로 문제 해결 과정을 정리해봤습니다.문제 상황CellCraft 개발 과정 중, 수시간 소요되는 분석 작업..
